El 7 de enero de 1779, una expedición al mando de Juan de la Piedra descubrió el Golfo de San José. Ese mismo día se produjo el desembarco, en la playa actualmente llamada Villarino. La expedición respondía a una Real Orden emanada de Carlos III, por la cual se disponía poblar estas tierras con labradores, artesanos y hasta 200 familias, además de establecer guarniciones, con el objeto de asegurar el dominio de la Corona española sobre la Patagonia, amenazada por incursiones inglesas. Los colonos se establecieron a 3 leguas del sitio de desembarco, en lo que hoy se conoce como Puerto San José, y el 20 de enero comenzaron a construir un pequeño poblado y fortín. Se hicieron las primeras huertas y se trazaron canales de riego para trasladar el agua desde los manantiales que Basilio Villarino (piloto de la expedición) descubrió en las Salinas Grandes de la Península Valdés. A los pocos meses, Basilio Villarino y Francisco de Viedma fundaron en Río Negro otra colonia, María de Nuestra Señora del Carmen (actualmente, Viedma y Carmen de Patagones). San José se despobló parcialmente, ya que muchos de sus habitantes se trasladaron a Nuestra Señora del Carmen. Finalmente, en 1810, un malón tehuelche arrasó el Fuerte, que entonces se llamaba de la Candelaria. Recién después de la campaña de Julio A. Roca, comenzaron a llegar nuevamente pobladores blancos. A partir de 1900 se radicaron allí hacendados y firmas comerciales. Años más tarde, Puerto San José cedió su importancia frente a Puerto Pirámides.
En la actualidad nada queda de las primitivas edificaciones de adobe, que tenían techos de tejas sobre cabriadas de madera atadas con cuero.

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