En 1618 el Provincial de los jesuitas, P. Pedro de Oñate, compró las tierras que formarían parte de la estancia Jesús María. El nuevo establecimiento jesuítico -destinado a sustentar al Colegio Máximo- se fue ampliando con sucesivas compras y donaciones de tierras e indios. Formando parte de la vasta estancia, como centros subsidiarios, había numerosos puestos, verdaderas poblaciones indígenas, con sus viviendas, capillas, molinos, corrales, viñedos y nogales. Los jesuitas levantaron iglesia, residencia, claustro, cementerio, talleres, bodegas (la producción vitivinícola fue fundamental en esta estancia) y depósitos. Se sabe que intervinieron diversos arquitectos de la Orden: los Hermanos Andrés Blanqui, José Klasner y Juan Bautista Prímoli. Expulsados los jesuitas en 1767, comenzó una progresiva decadencia de las actividades productivas de la estancia. También los objetos de valor de sus iglesias, casa y capillas cambiaron de dueño. La imagen de la "Pura y Limpia Concepción", que ocupaba el nicho central del altar mayor de la iglesia, fue reemplazada por la de San Isidro Labrador, y con ese nombre, erróneamente, comenzó a designarse el templo a partir del siglo XIX. La iglesia es de una sola nave, con cúpula y espadaña con campanario en su parte posterior. La fachada quedó inconclusa al partir los jesuitas. En el claustro se ubica la residencia, de dos plantas, que rodea al amplio patio central con aljibe. Las galerías con arcadas de medio punto, desde las que se puede apreciar todo el conjunto, tienen gran valor arquitectónico. Los muros son de piedra, y la cubierta, de tirantería de madera y tejas coloniales. En la actualidad funciona allí el Museo Jesuítico Nacional de Jesús María.