En 1612 don Alonso Nieto de Herrera heredó estas tierras, y construyó una iglesia que puso bajo la advocación de Nuestra Señora de Alta Gracia. En 1642 donó la propiedad a la Compañía de Jesús, a la que ingresó. Entre este año y 1767 se levantaron los edificios que constituyen el conjunto: la iglesia definitiva, la residencia, el obraje, el mirador, el molino, los batanes, el tajamar. La estancia de Alta Gracia, cuya producción se destinaba al mantenimiento del Colegio Máximo de Córdoba, se destacó por sus tejidos de algodón y lana y sus huertas de perales y durazneros; había además carpintería, herrería, fundición, jabonería, prensas, botica y hasta barbería. En 1767 pasó a manos de la Junta de Temporalidades, que la vendió en 1773. Tuvo sucesivos propietarios, entre ellos Santiago de Liniers, hasta que el último, don José Manuel Solares, dispuso a su muerte (1868) el parcelamiento de la estancia y su distribución entre "los pobres de notoria honradez". A partir de la estancia nació la villa de Alta Gracia. El conjunto jesuítico quedó emplazado en el centro urbano, y lo que fuera explanada procesional frente a la iglesia de la estancia, hoy es la plaza principal. Todo el conjunto quedó fragmentado por las calles de la ciudad. La distribución de la estancia sigue el modelo de los demás establecimientos jesuíticos, con un gran patio central bordeado por las habitaciones y la iglesia. Esta es una de las más originales de Córdoba, puesto que no tiene campanario y sólo presenta una pequeña espadaña en la parte posterior. Su fachada barroca muestra el único caso de curvatura mural en nuestra arquitectura colonial. Desde el patio, una importante escalera da acceso a la residencia, que estaba reservada para el hospedaje de los sacerdotes y hermanos responsables de la estancia. La casa está resuelta en dos plantas en "L", y junto con la iglesia rodea al patio de honor o claustro de los religiosos. Galerías de arquería definen el claustro en la planta alta. Aquí funciona el Museo Histórico Nacional de la "Casa del Virrey".