El asentamiento franciscano en Córdoba quedó consolidado cuando en 1612 el Capítulo General de la Orden decidió la unión de las Custodias Franciscanas del Paraguay y del Tucumán, formando la Provincia Franciscana de la Asunción de la Santísima Virgen del Río de la Plata. Se sabe que el primer templo de alguna importancia en la ciudad de Córdoba pertenecía a la Orden, y se asentaba en un solar adjudicado por el fundador de la ciudad, Jerónimo Luis de Cabrera. En este edificio inicial había una capilla cedida en perpetuidad por los franciscanos, para enterramiento de Cabrera y su familia. La iglesia actual es la tercera. La Orden decidió construirla en 1794. Obtuvo el permiso del Gobernador Intendente, Marqués de Sobre Monte, y del Virrey don Pedro Melo de Portugal, residente en Buenos Aires. Los planos fueron confeccionados por el ingeniero voluntario Juan Manuel López, quien también dirigió las obras. Terminada en 1813, posee una sola nave de líneas neoclásicas con elementos renacentistas, en cuyo crucero se destaca la cúpula semiesférica sobre tambor cilíndrico; es notable la sillería barroca del coro, con tallas de factura indígena e importantes pinturas de los siglos XVII, XVIII y XIX. La iglesia fue consagrada el 11 de octubre de 1813. Del antiguo convento franciscano se conservan sólo el Refectorio, el Salón De Profundis y un claustro. El recinto que los contiene, hoy rodeado por un edificio comercial, está construido en gruesos muros de canto rodado mezclados con piedra caliza y granítica, y cubierto con un artesonado de madera de rasgos mudéjares.