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Están representados en San Rafael, todos los tipos de formaciones vegetales que se encuentran en la provincia. Una vegetación del tipo halófila junto con la formación del Algarrobal caracteriza la zona oriental.
En el centro del departamento hay formaciones del jarillal y de las huayquerías. Esta unidad fitogeográfica se extiende en forma de diagonal con orientación sur - sureste.
Luego hacia el sur de estas dos unidades, se encuentra la vegetación correspondiente al coironal y al solupal, para finalizar hacia los 4000m de altura con el parámetro andino, donde es sumamente escasa la vegetación.
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