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Pergamino posee un tipo de clima definido como pampeano templado; la temperatura media en invierno es de 9,9º; la temperatura media en verano es de 22,5º; la temperatura media anual es de 15º.
Los vientos, dirección N.O. son de 9 km./hora. La humedad relativa ambiente es de 74%. La precipitación media anual es de 946 mm., llegando en los períodos más secos a 697 mm. y en los más húmedos a 1.297 mm.
Los meses más secos se dan durante el invierno (junio, julio y agosto) y los más lluviosos durante enero y marzo. El número medio de días con heladas es de 24,5; siendo la fecha media de la primera helada el 21 de mayo y de la última el 9 de septiembre.
El agua resulta potable en toda la zona, encontrándose las primeras napas a una profundidad que va de los 10 a 12 metros.
Considerados los inconvenientes climáticos representados por la sequía, el granizo y la erosión, el Partido de Pergamino presenta los de menor grado de la Provincia. Del informe sobre aguas subterráneas del norte de la Provincia de Buenos Aires, se transcribe lo referente a la cuenca del Arroyo de Pergamino: "En la zona de Pergamino el nivel estático es del orden de los 15 a 20 metros, obteniéndose caudales de 60/80 metros cúbicos con caudales característicos de 4 a 10 metros cúbicos. Cabe destacar que por debajo de los 67 metros de profundidad se han encontrado en varias oportunidades aguas clasificadas como inaptas".

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