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Al estar ubicado en una región que cuenta con fuertes vientos durante casi todo el año, la flora de Puerto Deseado está representada principalmente por una estepa arbustiva muy xerófila con pequeños arbustos y gramíneas.
Entre las especies mas comunes se destacan el Neneo (Mulinum Spinosum), el Calafate (Bárberis Cuneata), la Uña de Gatos, la Mata Negra (Chilliotrichium Amelloides) que acumula arena a su alrededor, la Mata Laguna, el Duraznillo (Alliguaya integerrima), la Zampa (Atriplez lampa), la mata Guanaco (Anarthro Phyllum rigidum) y el Molle, que es el único con características de árbol ya que su altura llega a superar los 3 metros.

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