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La fauna de la ribera está formada principalmente por el guanaco, el choique, la mara o liebre patagónica, el piche, el zorro gris; además de avutardas, flamenco común, garza bruja, y cisne de cuello negro.
Entre las aves que habitan la ría se encuentran cormoranes, pingüinos, gaviotas, palomas antárticas, ostreros, etc. Puerto Deseado es la única localidad en el mundo donde cinco especies de cormoranes coexisten alimentándose allí y con tres de ellas anidando.
Por su parte la Ría alberga, diferentes especies marinas tales como tiburón gatopardo, tiburón pintarroja, tiburón espinozo o cazón, róbalo, pejerrey, brótola, pez elefante, raya y palometa. La tonina overa constituye un gran atractivo visitantes que navegan por la ría, ya que suelen acompañar a las embarcaciones durante su viaje.
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