La idea de colonizar con penales fue tomada de ingleses y franceses. Como el proyecto era una colonia penal arribaron en 1898 a Ushuaia los primeros presos: 25 hombres y 9 mujeres. En 1902 comenzó la construcción del "Presidio Nacional". El sitio elegido estaba al este de la pequeña ciudad de Ushuaia, la cual para ese entonces constaba de poco más de 40 casas. Hasta 1920 continuó la construcción de la cárcel, levantada por los mismos penados.
Con 5 pabellones y 380 celdas unipersonales, llegó a alojar a más de 800 presos. Si bien comenzó como cárcel de "reincidentes", a ella llegaron desde los más brutales criminales, como estafadores, ladrones, presos políticos, militares e incluso llegó a albergar a los llamados "niños de la calle". Afortunadamente, semejante error no duró mucho tiempo.
En su momento, los delincuentes más peligrosos fueron enviados a esta cárcel. Incluso, sentenciados a pena de muerte a los que se les conmutó la pena por "presidio por tiempo indeterminado o reclusión". Entre ellos estuvo el anarquista Radowitzky, que matara al comisario Falcón y protagonizara una espectacular fuga por vía marítima, siendo capturado cerca de Punta Arenas.
También llegó el famoso "Petiso Orejudo", Santos Godino, que fuera el responsable de la muerte de varios niños en Buenos Aires. Incluso la leyenda comenta que tras sus rejas pasó el inmortal Carlitos Gardel.
Los presos con buena conducta eran premiados con trabajos fuera del presidio, en los campamentos de Monte Susana como hacheros o en los talleres. Existieron más de 30 sectores de trabajo. El régimen era el de trabajo retribuido, con lo cual podían ahorrar un poco de plata para cuando salieran o para enviarla a sus familiares.
Las historias de torturas y celdas de castigo forman parte de la leyenda del lugar más que de una práctica real, salvo algunas épocas aisladas.
El "hall" central o "rotonda múltiple" fue utilizada como sala de conferencias, cine y auditorio para cualquier tipo de acontecimiento. Desde allí se tiene acceso a los distintos pabellones. El Pabellón 1 o "Ala Histórica" conserva su entrepiso y barandas de madera originales, como así también un tenebroso alo de misterio.

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